根据《中共中央、国务院关于浙江省人民政府机构改革方案的通知》（中委[2000]38号），设置杭州市余杭区环境保护局。区环境保护局是区人民政府环境保护行政主管部门，对辖区内的环境保护工作实施统一监督管理。主要职责是：
1、贯彻、执行国家和地方的环境保护法律、法规，受区政府委托起草有关环境保护行政管理的规范性文件。负责组织对本区重大经济建设和社会发展综合项目的环境影响评估。
2、参与制订本区经济和社会发展中、长期规划、年度计划、国土开发整治规划、区域经济开发规划、产业发展规划以及资源节约和综合利用规划的环境保护篇章。参与审核本区总体规划、开发区建设和旧城区改造中的环境保护内容。
3、统一监督本辖区内各部门、各单位以及个人执行国家和地方环境保护政策和法律、法规以及国家、地方和行业环境保护标准。
4、负责本辖区大气、水体、土壤、固体废弃物、机动车、电磁辐射、放射性物质以及噪声、振动等环境污染防治工作。
5、组织实施排污总量控制、排污申报登记、排污许可证和限期治理等环境管理制度。负责“烟尘控制区”和“噪声达标区”创建和巩固的组织协调、监督实施工作。
6、负责建设项目的环境保护管理工作。监督执行国家公布应禁止或严格限制建设的重污染项目名录。监督环境影响评价制度和建设项目“三同时”制度的实施及限额内建设项目的环境影响评价审批。
7、组织实施环境监察工作。依法组织对本辖区内污染物排放情况和污染治理设施运转情况进行现场监督检查。依法主持（参与）查处本辖区重大违反环境保护法规的行为、环境污染事故和生态破坏事件，调解处理环境污染纠纷。
8、负责接待和处理人民群众有关环境保护的来信、来访和来电；办理区人大、区政协交办有关环境保护的议案、提案。
9、统一监督管理本辖区自然生态保护工作，指导生态农业园区、环保工业园区、生态示范区、生态村镇等生态项目的建设，监督对生态环境有影响的资源开发活动。
10、负责监督管理全区排污费；编制全区环境保护专项资金使用计划，监督专项资金专款专用。
11、负责区环境保护委员会的日常工作。监督、协调环境保护目标责任制、城市环境综合整治定量考核工作。
12、统一管理环境统计和环境信息工作，承办创建国家环境保护模范城市有关工作。
13、统一管理环境监测工作。监督检查环境监测制度、环境监测规范的实施，指导环境监测网络的建设。
14、组织环境保护